Gauna gegen Gauna?! Eine neue Art der Außerirdischen tritt auf den Plan und sorgt dafür, dass der Ausgang des Kriegs plötzlich nicht mehr sicher ist. Auf dem Raumschiff Sidonia stehen den Menschen viele Veränderungen bevor. Nagate und den anderen bleibt keine andere Wahl: Sie müssen in das Mutterschiff Okarina eindringen, die Basis der gefährlichen Gauna!