Endlich kann der Angriff auf das Gauna-Mutterschiff Okarina gestartet werden! Kurz vor Beginn der Mission taucht jedoch der totgeglaubte Wissenschaftler Ochiai mit einer Gravitationsstrahlenkanone auf, die die Sidonia in ernste Gefahr bringt! Als die Besatzung daraufhin fluchtartig das Schiff verlässt, wird sie zum Ziel hunderter Gauna und muss schwere Verluste hinnehmen. Doch Nagate will keinesfalls aufgeben! Um die Sidonia zu retten, beschließt er, sich den Gauna entgegenzustellen … allein.